周少华¹ , 李炎林² , 曾茜垚³ , 谢瑞¹ , 余国梁¹ , 杨华^1,2,3*

1湖南农业大学生物科学技术学院,长沙, 410128; 2湖南农业大学园艺学院,长沙, 410128; 3湖南正清制药集团股份有限公司,怀化, 410000
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《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 12 篇   
收稿日期: 2020年07月01日    接受日期: 2020年07月08日    发表日期: 2022年12月09日

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青藤是一种重要的中药材，具有较高的药用价值。目前，对于青藤的分子生物学研究极为有限，基因资源比较匮乏。全基因组的破译将为其分子生物学研究的深入开展提供坚实的基础，而对青藤进行全基因组调查以明确其基因组特征可以为全基因测序方案的制定提供依据。本研究基于 Illumina测序平台测定了青藤基因组，结合生物信息学方法得到基因组大小、杂合率、重复序列等特征，并采用 SOAPdenovo软件对基因组进行初步组装。过滤得到 168.72 G有效数据，青藤基因组大小估计为 829.72 Mb；重复序列比率为51.72%，杂合率为 0.48%，GC含量为 34.57%；K-mer=35进行初步组装得到 contigs N50为 162 bp，总长为621 033 264 bp，scaffolds N50为 489 bp，总长为 780 536 487 bp。鉴于青藤基因组高重复序列的特点，其全基因测序可采用 Illumina测序技术和 PacBio测序技术相结合的策略，并采用 Hi-C技术以及其相应的组装软件，以此获得青藤全基因组图谱。
 

藤(Sinomenium acutum (Thunb.) Rehd. et Wils)；基因组大小；重复序列比率；杂合率； GC含量